南开大学日本研究院是现今全国高等院校中唯一的院级综合日本研究和高层次人才培养实体机构，被称为中国日本研究的重镇。研究院采取以专职研究人员为主、以校内外兼职研究人员为辅，两者有机结合的科研及教学体制。行政上为直属学校的中层科研机构。日本研究院共设三个专业：世界史、世界经济、国际政治，分别招收硕士、博士研究生。截止到2019年已培养的硕士研究生227名、博士研究生118人。