中科院软件研究所南京软件技术研究院，是由中国科学院软件研究所、南京市麒麟科技创新园（生态科技城）开发建设管理委员会合作共建的地方事业单位，是中国科学院软件研究所在南京的分支机构。研究院主要面向软件技术、人工智能等领域开展基础研究和应用研究、应用示范及产业化，致力于突破核心关键技术，加速成果转移转化，建设软件产业新型智库，打造软件产业人才高地。依托中科院软件所在软件领域的技术和人才优势，研究院自2019年8月成立以来快速成长，现已布局智能系统软件、服务机器人通用软件平台、智能无人系统训练与评估平台、云计算与大数据、物联网城市大脑等五个具体科研方向。

中国科学院软件研究所位于北京市海淀区中关村南四街四号。南京分部位于南京市江宁区麒麟科技创新园。